At the crossroads of epidemiology and biology: bridging the gap between SARS-CoV-2 viral strain properties and epidemic wave characteristics / Florian Poydenot    

Public ISBD Faire une suggestion d'achat Titre : At the crossroads of epidemiology and biology: bridging the gap between SARS-CoV-2 viral strain properties and epidemic wave characteristics Type de document : texte imprimé Auteurs : Florian Poydenot, Auteur ; Alice Lebreton, Auteur ; Jacques Haiech, Auteur ; Bruno Andreotti, Auteur Editeur : arXiv Année de publication : 2021 Note générale : 26 pages, 5 figures; Langues : Anglais (eng) Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : 'Populations and Evolution (q-bio.PE)  Biological Physics (physics.bio-ph)  (q-bio.PE)  (physics.bio-ph)  COVID19  SARS-CoV-2  epidemiology  PFU  GU  viral load' Index. décimale : 570 Résumé : The COVID-19 pandemic has given rise to numerous articles from different scientific fields (epidemiology, virology, immunology, airflow physics...) without any effort to link these different insights. In this review, we aim to establish relationships between epidemiological data and the characteristics of the virus strain responsible for the epidemic wave concerned. We have carried out this study on the Wuhan, Alpha, Delta and Omicron strains allowing us to illustrate the evolution of the relationships we have highlighted according to these different viral strains. We addressed the following questions: 1) How can the mean infectious dose (one quantum, by definition in epidemiology) be measured and expressed as an amount of viral RNA molecules (in genome units, GU) or as a number of replicative viral particles (in plaque-forming units, PFU)? 2) How many infectious quanta are exhaled by an infected person per unit of time? 3) How many infectious quanta are exhaled, on average, integrated over the whole contagious period? 4) How do these quantities relate to the epidemic reproduction rate R as measured in epidemiology, and to the viral load, as measured by molecular biological methods? 5) How has the infectious dose evolved with the different strains of SARS-CoV-2? We make use of state-of-the-art modelling, reviewed and explained in the appendix of the article (Supplemental Information, SI), to answer these questions using data from the literature in both epidemiology and virology. We have considered the modification of these relationships according to the vaccination status of the population. We hope that this work will allow a better integration of data from different fields (virology, epidemiology, and immunology) to anticipate the evolution of the epidemic in the case of COVID-19, but also in respiratory pathologies transmissible in an airborne manner. En ligne : https://arxiv.org/abs/2301.12975 Format de la ressource électronique : PDF At the crossroads of epidemiology and biology: bridging the gap between SARS-CoV-2 viral strain properties and epidemic wave characteristics [texte imprimé] / Florian Poydenot, Auteur ; Alice Lebreton, Auteur ; Jacques Haiech, Auteur ; Bruno Andreotti, Auteur . - arXiv, 2021. 26 pages, 5 figures; Langues : Anglais (eng) Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : 'Populations and Evolution (q-bio.PE)  Biological Physics (physics.bio-ph)  (q-bio.PE)  (physics.bio-ph)  COVID19  SARS-CoV-2  epidemiology  PFU  GU  viral load' Index. décimale : 570 Résumé : The COVID-19 pandemic has given rise to numerous articles from different scientific fields (epidemiology, virology, immunology, airflow physics...) without any effort to link these different insights. In this review, we aim to establish relationships between epidemiological data and the characteristics of the virus strain responsible for the epidemic wave concerned. We have carried out this study on the Wuhan, Alpha, Delta and Omicron strains allowing us to illustrate the evolution of the relationships we have highlighted according to these different viral strains. We addressed the following questions: 1) How can the mean infectious dose (one quantum, by definition in epidemiology) be measured and expressed as an amount of viral RNA molecules (in genome units, GU) or as a number of replicative viral particles (in plaque-forming units, PFU)? 2) How many infectious quanta are exhaled by an infected person per unit of time? 3) How many infectious quanta are exhaled, on average, integrated over the whole contagious period? 4) How do these quantities relate to the epidemic reproduction rate R as measured in epidemiology, and to the viral load, as measured by molecular biological methods? 5) How has the infectious dose evolved with the different strains of SARS-CoV-2? We make use of state-of-the-art modelling, reviewed and explained in the appendix of the article (Supplemental Information, SI), to answer these questions using data from the literature in both epidemiology and virology. We have considered the modification of these relationships according to the vaccination status of the population. We hope that this work will allow a better integration of data from different fields (virology, epidemiology, and immunology) to anticipate the evolution of the epidemic in the case of COVID-19, but also in respiratory pathologies transmissible in an airborne manner. En ligne : https://arxiv.org/abs/2301.12975 Format de la ressource électronique : PDF

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Conserver et exposer les microbes au tournant du vingtième siècle. Le cas de la première collection microbienne de l’Institut Pasteur / Mathilde Gallay-Keller  

Public ISBD Faire une suggestion d'achat Titre : Conserver et exposer les microbes au tournant du vingtième siècle. Le cas de la première collection microbienne de l’Institut Pasteur Type de document : document électronique Auteurs : Mathilde Gallay-Keller, Auteur Editeur : [S.l.] : Société d'Anthropologie des Connaissances (SAC) Année de publication : 2021 Autre Editeur : [S.l.] : journals open edition ISBN/ISSN/EAN : 1760-5393 Note générale : 15 (3) Langues : Français (fre) Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : Collections of microorganisms microbiology  naturalist tradition  experimental tradition  Pasteur Institute  Collections de micro-organismes  microbiologie  tradition naturaliste  tradition expérimentale  Institut Pasteur Index. décimale : 570 Résumé : Cet article analyse le dispositif de la première collection microbienne de l’Institut Pasteur à Paris (IP), depuis sa constitution en 1889 suite à l’ouverture de l’institution et durant toute la période où elle fut développée par son curateur, le pastorien Jean Binot (entre 1896 et 1909). Cela à partir de deux interrogations, qui invitent à reconsidérer les frontières entre les sciences de la vie dites « naturalistes » et celles dites « expérimentales ». Si, dans le projet de découverte et de classification de l’ensemble du vivant, les institutions naturalistes telles que les muséums tiennent une place de choix, la collection microbienne de l’IP – avec sa vocation première de servir de support expérimental à l’enseignement de la microbiologie – fut-elle pour autant étrangère au projet de nommer et classer le vivant microscopique ? Par ailleurs, si les biotechnologies disponibles pour conserver les microbes ont bien été décrites dans des collections de micro-organismes et des biobanques au 20ème et 21ème siècle, qu’en était-il au passage du 19ème et du 20ème siècle à l’IP ? L’article documente quelles furent les fonctions et usages de cette collection microbienne pour les restituer dans leur variété, puis s’intéresse à sa gestion biotechnologique pour montrer comment son curateur mit en place des techniques de vie latente des micro-organismes – encore utilisées aujourd’hui dans diverses collections naturalistes comme expérimentales. En ligne : https://hal.science/halshs-03338819v1 Format de la ressource électronique : PDF Conserver et exposer les microbes au tournant du vingtième siècle. Le cas de la première collection microbienne de l’Institut Pasteur [document électronique] / Mathilde Gallay-Keller, Auteur . - [S.l.] : Société d'Anthropologie des Connaissances (SAC) : [S.l.] : journals open edition, 2021. ISSN : 1760-5393 15 (3) Langues : Français (fre) Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : Collections of microorganisms microbiology  naturalist tradition  experimental tradition  Pasteur Institute  Collections de micro-organismes  microbiologie  tradition naturaliste  tradition expérimentale  Institut Pasteur Index. décimale : 570 Résumé : Cet article analyse le dispositif de la première collection microbienne de l’Institut Pasteur à Paris (IP), depuis sa constitution en 1889 suite à l’ouverture de l’institution et durant toute la période où elle fut développée par son curateur, le pastorien Jean Binot (entre 1896 et 1909). Cela à partir de deux interrogations, qui invitent à reconsidérer les frontières entre les sciences de la vie dites « naturalistes » et celles dites « expérimentales ». Si, dans le projet de découverte et de classification de l’ensemble du vivant, les institutions naturalistes telles que les muséums tiennent une place de choix, la collection microbienne de l’IP – avec sa vocation première de servir de support expérimental à l’enseignement de la microbiologie – fut-elle pour autant étrangère au projet de nommer et classer le vivant microscopique ? Par ailleurs, si les biotechnologies disponibles pour conserver les microbes ont bien été décrites dans des collections de micro-organismes et des biobanques au 20ème et 21ème siècle, qu’en était-il au passage du 19ème et du 20ème siècle à l’IP ? L’article documente quelles furent les fonctions et usages de cette collection microbienne pour les restituer dans leur variété, puis s’intéresse à sa gestion biotechnologique pour montrer comment son curateur mit en place des techniques de vie latente des micro-organismes – encore utilisées aujourd’hui dans diverses collections naturalistes comme expérimentales. En ligne : https://hal.science/halshs-03338819v1 Format de la ressource électronique : PDF

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Description of five new species of hysterocinetian ciliates (Ciliophora, Hysterocinetidae), endocommensal in a terrestrial oligochaete of the genus Alma from Cameroon / Paul Alain Nana  

Public ISBD Faire une suggestion d'achat Titre : Description of five new species of hysterocinetian ciliates (Ciliophora, Hysterocinetidae), endocommensal in a terrestrial oligochaete of the genus Alma from Cameroon Type de document : document électronique Auteurs : Paul Alain Nana, Auteur ; Zéphyrin Fokam, Auteur ; Pierre Ngassam, Auteur Editeur : Protozoological Society, Russian Academy of Science Année de publication : 2012 Importance : pp.97-107 Format : PDF ISBN/ISSN/EAN : 1680-0826 Note générale : 7 (2) Langues : Anglais (eng) Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : Proptychostomoides n. g  Ptychostomoides n. g  Alma  ciliates  Hysterocinetidae  phylogeny  Proptychostomoides n. g.  Ptychostomoides n. g.  Ptychostomum  [q-bio] Index. décimale : 570 Résumé : Studies on five new species of hysterocinetian ciliates, endocommensal within a terrestrial oligochaete from the genus Alma (Cameroon), reveal the existence of three distinct types of cytoskeletal topography within their adhesive apparatus. In the first topographical type, four superimposed antagonistic strata of skeletal fibres that correspond to the arrangement observed in the genus Ptychostomum, Stein 1860 are found. The second topographical type is characterized by the existence of an unorganized field of fibrillar structures forming a single dense mass in the central part of the sucker. For this, a new genus is created: Ptychostomoides, Nana, Fokam, Ntoungwa et al. n. g. The third type present in the genus Proptychostomoides, Nana, Fokam, Ntoungwa et al. n. g. differs from the latter by the existence of a bare patch within the central region of the adhesive apparatus. This new evidence of morphological diversification within the Hysterocinetidae supports a new approach to the systematics of this group. En ligne : https://hal.science/hal-00917775 Format de la ressource électronique : PDF Description of five new species of hysterocinetian ciliates (Ciliophora, Hysterocinetidae), endocommensal in a terrestrial oligochaete of the genus Alma from Cameroon [document électronique] / Paul Alain Nana, Auteur ; Zéphyrin Fokam, Auteur ; Pierre Ngassam, Auteur . - Protozoological Society, Russian Academy of Science, 2012 . - pp.97-107 ; PDF. ISSN : 1680-0826 7 (2) Langues : Anglais (eng) Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : Proptychostomoides n. g  Ptychostomoides n. g  Alma  ciliates  Hysterocinetidae  phylogeny  Proptychostomoides n. g.  Ptychostomoides n. g.  Ptychostomum  [q-bio] Index. décimale : 570 Résumé : Studies on five new species of hysterocinetian ciliates, endocommensal within a terrestrial oligochaete from the genus Alma (Cameroon), reveal the existence of three distinct types of cytoskeletal topography within their adhesive apparatus. In the first topographical type, four superimposed antagonistic strata of skeletal fibres that correspond to the arrangement observed in the genus Ptychostomum, Stein 1860 are found. The second topographical type is characterized by the existence of an unorganized field of fibrillar structures forming a single dense mass in the central part of the sucker. For this, a new genus is created: Ptychostomoides, Nana, Fokam, Ntoungwa et al. n. g. The third type present in the genus Proptychostomoides, Nana, Fokam, Ntoungwa et al. n. g. differs from the latter by the existence of a bare patch within the central region of the adhesive apparatus. This new evidence of morphological diversification within the Hysterocinetidae supports a new approach to the systematics of this group. En ligne : https://hal.science/hal-00917775 Format de la ressource électronique : PDF

Functional properties of beta-lactoglobulin phosphorylated in the presence of different aliphatic amines / Mahmoud Zaki Sitohy    

Public ISBD Faire une suggestion d'achat Titre : Functional properties of beta-lactoglobulin phosphorylated in the presence of different aliphatic amines Type de document : document électronique Auteurs : Mahmoud Zaki Sitohy, Auteur ; J.M. Chobert ; Yves Popineau ; Thomas Haertlé Editeur : Elsevier Année de publication : 1995 Autre Editeur : INRA Importance : 75 (6);pp.309-314 Format : HTML ISBN/ISSN/EAN : 1297-9694 Langues : Anglais (eng) Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : β-lactoglobulin  phosphorylation  aminé aliphatique  propriétés fonctionnelles  aliphatic amine  functional properties  Biologie  Biology Index. décimale : 570 Résumé : La β-lactoglobuline a été phosphorylée en utilisant différents rapports molaires d'oxychlorure de phosphore / mole de protéine (20, 40 et 80) et en présence de différentes aminés aliphatiques. Les propriétés physicochimiques des protéines modifiées varient en fonction du type de l'aminé utilisée (tertiaire ou primaire; chaîne aliphatique plus ou moins longue). L'utilisation de butylamine pendant la phosphorylation de la β-lactoglobuline par POCI3 a conduit à un faible taux de phosphorylation (2-4 mol P / mol protéine), mais à d'excellentes propriétés moussantes et émulsifiantes de la protéine phosphobutylée. L'utilisation d'aminés primaires aux plus longues chaînes (8-12 C) comme bases et agents nucléophiles durant la phosphorylation de la β-lactoglobuline a donné naissance à des protéines faiblement phosphorylées, moins solubles et présentant de moins bonnes propriétés moussantes et émulsifiantes. Note de contenu : Phosphorylation of (β-lactoglobulin was carried out with 20, 40 and 80 mol POCI3 / mol protein in the presence of different aliphatic amines. The physicochemical properties of the modified proteins changed according to the nature of amine (tertiary or primary; shorter or longer aliphatic chain). The use of butylamine during the phosphorylation of (β-lactoglobulin with POCI3 resulted in a low phosphorylation yield (2-4 mol P / mol protein), conferring, however, excellent foaming and emulsifying properties to the phosphobutylated protein. The use of longer aliphatic primary amines (8-12 C) as bases and nucleophiles during the phosphorylation of β-lactoglobulin gave rise to low phosphorylation, reduced solubility, poor foaming and emulsifying properties. En ligne : https://hal.science/hal-02712099v1 Format de la ressource électronique : HTML Functional properties of beta-lactoglobulin phosphorylated in the presence of different aliphatic amines [document électronique] / Mahmoud Zaki Sitohy, Auteur ; J.M. Chobert ; Yves Popineau ; Thomas Haertlé . - Elsevier : INRA, 1995 . - 75 (6);pp.309-314 ; HTML. ISSN : 1297-9694 Langues : Anglais (eng) Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : β-lactoglobulin  phosphorylation  aminé aliphatique  propriétés fonctionnelles  aliphatic amine  functional properties  Biologie  Biology Index. décimale : 570 Résumé : La β-lactoglobuline a été phosphorylée en utilisant différents rapports molaires d'oxychlorure de phosphore / mole de protéine (20, 40 et 80) et en présence de différentes aminés aliphatiques. Les propriétés physicochimiques des protéines modifiées varient en fonction du type de l'aminé utilisée (tertiaire ou primaire; chaîne aliphatique plus ou moins longue). L'utilisation de butylamine pendant la phosphorylation de la β-lactoglobuline par POCI3 a conduit à un faible taux de phosphorylation (2-4 mol P / mol protéine), mais à d'excellentes propriétés moussantes et émulsifiantes de la protéine phosphobutylée. L'utilisation d'aminés primaires aux plus longues chaînes (8-12 C) comme bases et agents nucléophiles durant la phosphorylation de la β-lactoglobuline a donné naissance à des protéines faiblement phosphorylées, moins solubles et présentant de moins bonnes propriétés moussantes et émulsifiantes. Note de contenu : Phosphorylation of (β-lactoglobulin was carried out with 20, 40 and 80 mol POCI3 / mol protein in the presence of different aliphatic amines. The physicochemical properties of the modified proteins changed according to the nature of amine (tertiary or primary; shorter or longer aliphatic chain). The use of butylamine during the phosphorylation of (β-lactoglobulin with POCI3 resulted in a low phosphorylation yield (2-4 mol P / mol protein), conferring, however, excellent foaming and emulsifying properties to the phosphobutylated protein. The use of longer aliphatic primary amines (8-12 C) as bases and nucleophiles during the phosphorylation of β-lactoglobulin gave rise to low phosphorylation, reduced solubility, poor foaming and emulsifying properties. En ligne : https://hal.science/hal-02712099v1 Format de la ressource électronique : HTML

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