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Affiner la rechercheMaintenance Electrotechnique / Mark Brown
Titre : Maintenance Electrotechnique Type de document : texte imprimé Auteurs : Mark Brown, Auteur ISBN/ISSN/EAN : 978-2-10-079889-6 Langues : Français (fre) Maintenance Electrotechnique [texte imprimé] / Mark Brown, Auteur . - [s.d.].
ISBN : 978-2-10-079889-6
Langues : Français (fre)Exemplaires (1)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 12345678 BRO Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt Appréhender le fonctionnement de la glande mammaire chez le bovin par le typage des cellules en microscopie / Laurence Finot
Titre : Appréhender le fonctionnement de la glande mammaire chez le bovin par le typage des cellules en microscopie Type de document : document électronique Auteurs : Laurence Finot, Auteur ; Eric Chanat, Auteur Editeur : [S.l.] : INRAE Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Catégories : 573 Histologie et physiologie régionales animales, systèmes physiologiques particuliers des animaux Tags : 'microscopie microscopy glande mammaire mammary gland vache laitière dairy cow culture cellulaire cell culture tissu mammaire production de lait milk production ' Résumé : Chez les bovins laitiers, la production de lait dépend fortement du degré de développement de la glande mammaire. Le tissu mammaire présente une plasticité fonctionnelle exceptionnelle en réponse au statut physiologique de l’animal mais aussi aux conditions d’élevage et d’environnement. La glande mammaire se développe principalement pendant la puberté et la gestation. Elle devient mature pour synthétiser le lait lors de la parturition. Chez les vaches laitières, les cycles de reproduction-lactation se succèdent. Ils s’accompagnent d’un remodelage du tissu mammaire notamment de l’épithélium pour s’adapter à l’activité lactifère de l’organe. Plusieurs populations cellulaires interagissent pour contribuer à la production laitière : les cellules épithéliales, les fibroblastes, les adipocytes et les cellules endothéliales. De plus, l’épithélium mammaire, acteur majeur de la synthèse de lait responsable du potentiel laitier de l’animal, est constitué de différents types de cellules épithéliales (basal, myoépithélial et luminal). Pour appréhender la fonctionnalité de la glande mammaire chez la vache laitière aux stades physiologiques majeurs de la vie de l’animal que sont le développement, la lactation et le tarissement, nous avons entrepris d’identifier et de caractériser le tissu mammaire par des approches multiples, incluant l’immuno-histologie. L’utilisation d’anticorps spécifiques des différents types cellulaires d’intérêt, comme les cellules épithéliales luminales (dont les cellules sécrétrices) et basales, ainsi que les fibroblastes, nous permet de comparer l’état de développement de la glande mammaire chez des génisses à peine pubères ou encore l’avancée du remodelage tissulaire au stade de tarissement des vaches. Ces observations permettent d’appréhender l’impact que peut avoir les conditions d’élevage des vaches (alimentation, fréquence de traite, stress thermique, tarissement) sur le tissu épithélial mammaire et son remodelage. Nous utilisons aussi cette approche d’immuno-histologie développée pour phénotyper le tissu mammaire dans le cadre de nos recherches sur les cellules souches adultes mammaires. Ces applications dans le domaine de la recherche agronomique sont essentielles pour comprendre la mise en place et le fonctionnement du tissu sécréteur de la glande mammaire chez des animaux de rente et améliorer nos connaissances sur les populations cellulaires engagées dans la fonction de lactation. En ligne : https://hal.science/hal-03875310v1 Format de la ressource électronique : Appréhender le fonctionnement de la glande mammaire chez le bovin par le typage des cellules en microscopie [document électronique] / Laurence Finot, Auteur ; Eric Chanat, Auteur . - [S.l.] : INRAE, 2022.
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Catégories : 573 Histologie et physiologie régionales animales, systèmes physiologiques particuliers des animaux Tags : 'microscopie microscopy glande mammaire mammary gland vache laitière dairy cow culture cellulaire cell culture tissu mammaire production de lait milk production ' Résumé : Chez les bovins laitiers, la production de lait dépend fortement du degré de développement de la glande mammaire. Le tissu mammaire présente une plasticité fonctionnelle exceptionnelle en réponse au statut physiologique de l’animal mais aussi aux conditions d’élevage et d’environnement. La glande mammaire se développe principalement pendant la puberté et la gestation. Elle devient mature pour synthétiser le lait lors de la parturition. Chez les vaches laitières, les cycles de reproduction-lactation se succèdent. Ils s’accompagnent d’un remodelage du tissu mammaire notamment de l’épithélium pour s’adapter à l’activité lactifère de l’organe. Plusieurs populations cellulaires interagissent pour contribuer à la production laitière : les cellules épithéliales, les fibroblastes, les adipocytes et les cellules endothéliales. De plus, l’épithélium mammaire, acteur majeur de la synthèse de lait responsable du potentiel laitier de l’animal, est constitué de différents types de cellules épithéliales (basal, myoépithélial et luminal). Pour appréhender la fonctionnalité de la glande mammaire chez la vache laitière aux stades physiologiques majeurs de la vie de l’animal que sont le développement, la lactation et le tarissement, nous avons entrepris d’identifier et de caractériser le tissu mammaire par des approches multiples, incluant l’immuno-histologie. L’utilisation d’anticorps spécifiques des différents types cellulaires d’intérêt, comme les cellules épithéliales luminales (dont les cellules sécrétrices) et basales, ainsi que les fibroblastes, nous permet de comparer l’état de développement de la glande mammaire chez des génisses à peine pubères ou encore l’avancée du remodelage tissulaire au stade de tarissement des vaches. Ces observations permettent d’appréhender l’impact que peut avoir les conditions d’élevage des vaches (alimentation, fréquence de traite, stress thermique, tarissement) sur le tissu épithélial mammaire et son remodelage. Nous utilisons aussi cette approche d’immuno-histologie développée pour phénotyper le tissu mammaire dans le cadre de nos recherches sur les cellules souches adultes mammaires. Ces applications dans le domaine de la recherche agronomique sont essentielles pour comprendre la mise en place et le fonctionnement du tissu sécréteur de la glande mammaire chez des animaux de rente et améliorer nos connaissances sur les populations cellulaires engagées dans la fonction de lactation. En ligne : https://hal.science/hal-03875310v1 Format de la ressource électronique : Exemplaires (3)
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Titre : At the crossroads of epidemiology and biology: bridging the gap between SARS-CoV-2 viral strain properties and epidemic wave characteristics Type de document : texte imprimé Auteurs : Florian Poydenot, Auteur ; Alice Lebreton, Auteur ; Jacques Haiech, Auteur ; Bruno Andreotti, Auteur Editeur : arXiv Année de publication : 2021 Note générale : 26 pages, 5 figures; Langues : Anglais (eng) Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : 'Populations and Evolution (q-bio.PE) Biological Physics (physics.bio-ph) (q-bio.PE) (physics.bio-ph) COVID19 SARS-CoV-2 epidemiology PFU GU viral load' Index. décimale : 570 Résumé : The COVID-19 pandemic has given rise to numerous articles from different scientific fields (epidemiology, virology, immunology, airflow physics...) without any effort to link these different insights. In this review, we aim to establish relationships between epidemiological data and the characteristics of the virus strain responsible for the epidemic wave concerned. We have carried out this study on the Wuhan, Alpha, Delta and Omicron strains allowing us to illustrate the evolution of the relationships we have highlighted according to these different viral strains. We addressed the following questions: 1) How can the mean infectious dose (one quantum, by definition in epidemiology) be measured and expressed as an amount of viral RNA molecules (in genome units, GU) or as a number of replicative viral particles (in plaque-forming units, PFU)? 2) How many infectious quanta are exhaled by an infected person per unit of time? 3) How many infectious quanta are exhaled, on average, integrated over the whole contagious period? 4) How do these quantities relate to the epidemic reproduction rate R as measured in epidemiology, and to the viral load, as measured by molecular biological methods? 5) How has the infectious dose evolved with the different strains of SARS-CoV-2? We make use of state-of-the-art modelling, reviewed and explained in the appendix of the article (Supplemental Information, SI), to answer these questions using data from the literature in both epidemiology and virology. We have considered the modification of these relationships according to the vaccination status of the population. We hope that this work will allow a better integration of data from different fields (virology, epidemiology, and immunology) to anticipate the evolution of the epidemic in the case of COVID-19, but also in respiratory pathologies transmissible in an airborne manner. En ligne : https://arxiv.org/abs/2301.12975 Format de la ressource électronique : At the crossroads of epidemiology and biology: bridging the gap between SARS-CoV-2 viral strain properties and epidemic wave characteristics [texte imprimé] / Florian Poydenot, Auteur ; Alice Lebreton, Auteur ; Jacques Haiech, Auteur ; Bruno Andreotti, Auteur . - arXiv, 2021.
26 pages, 5 figures;
Langues : Anglais (eng)
Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : 'Populations and Evolution (q-bio.PE) Biological Physics (physics.bio-ph) (q-bio.PE) (physics.bio-ph) COVID19 SARS-CoV-2 epidemiology PFU GU viral load' Index. décimale : 570 Résumé : The COVID-19 pandemic has given rise to numerous articles from different scientific fields (epidemiology, virology, immunology, airflow physics...) without any effort to link these different insights. In this review, we aim to establish relationships between epidemiological data and the characteristics of the virus strain responsible for the epidemic wave concerned. We have carried out this study on the Wuhan, Alpha, Delta and Omicron strains allowing us to illustrate the evolution of the relationships we have highlighted according to these different viral strains. We addressed the following questions: 1) How can the mean infectious dose (one quantum, by definition in epidemiology) be measured and expressed as an amount of viral RNA molecules (in genome units, GU) or as a number of replicative viral particles (in plaque-forming units, PFU)? 2) How many infectious quanta are exhaled by an infected person per unit of time? 3) How many infectious quanta are exhaled, on average, integrated over the whole contagious period? 4) How do these quantities relate to the epidemic reproduction rate R as measured in epidemiology, and to the viral load, as measured by molecular biological methods? 5) How has the infectious dose evolved with the different strains of SARS-CoV-2? We make use of state-of-the-art modelling, reviewed and explained in the appendix of the article (Supplemental Information, SI), to answer these questions using data from the literature in both epidemiology and virology. We have considered the modification of these relationships according to the vaccination status of the population. We hope that this work will allow a better integration of data from different fields (virology, epidemiology, and immunology) to anticipate the evolution of the epidemic in the case of COVID-19, but also in respiratory pathologies transmissible in an airborne manner. En ligne : https://arxiv.org/abs/2301.12975 Format de la ressource électronique : Exemplaires (5)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 5 570 POY Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt 6 570 POY Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt 7 570 POY Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt 8 570 POY Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt 10 570 POY Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt
Titre : Biochemical and histological alterations of cellular metabolism from jerboa (Jaculus orientalis) by 2,4-dichlorophenoxyacetic acid: Effects on D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase Type de document : texte imprimé Auteurs : Driss Mountassif, Auteur ; Mostafa Kabine, Auteur ; Karima Mounchid, Auteur ; Khadija Mounaji, Auteur Année de publication : 2007 Langues : Anglais (eng) Catégories : 573 Histologie et physiologie régionales animales, systèmes physiologiques particuliers des animaux Tags : 'Jaculus orientalis Clinical parameters Antioxidant enzymes Subcellular markers Histology D-3-Hydroxybutyrate dehydrogenase Sciences du Vivant [q-bio] Biochimie Biologie Moléculaire'. Résumé : 2,4-Dichlorophenoxyacetic acid (2,4D) is one of the widely used herbicide of the phenoxy family with possible startling number of adverse effects on species other than the weeds which is designed to kill. The effects of 2,4D were investigated in jerboa (Jaculus orientalis), a wild animal of subdesert highlands. The jerboas have been daily treated intraperitonally with 2,4D 3 mg/kg body weight for 4 weeks. Plasmatic markers, and antioxidants defences systems were assessed and histological alterations were evaluated. The in vivo and in vitro effects of 2,4D on the mitochondrial D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) were also determined. Our results showed a strong decrease of triglycerides level and HDL cholesterol and an increase in GOT level and LDL cholesterol. The microscopic evaluation showed that 2,4D induced necrosis of seminiferous tubules cells in testis, hyperplasia of hepatocytes in liver and presence of multinucleated giant cells in brain. The results show also an inhibitory effect on BDH in terms of activity and kinetic parameters. All of these results show that 2,4D induces toxicity which affects energy metabolism, morphological perturbation and oxidative stress. En ligne : https://hal.science/hal-00376293v1 Format de la ressource électronique : Biochemical and histological alterations of cellular metabolism from jerboa (Jaculus orientalis) by 2,4-dichlorophenoxyacetic acid: Effects on D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase [texte imprimé] / Driss Mountassif, Auteur ; Mostafa Kabine, Auteur ; Karima Mounchid, Auteur ; Khadija Mounaji, Auteur . - 2007.
Langues : Anglais (eng)
Catégories : 573 Histologie et physiologie régionales animales, systèmes physiologiques particuliers des animaux Tags : 'Jaculus orientalis Clinical parameters Antioxidant enzymes Subcellular markers Histology D-3-Hydroxybutyrate dehydrogenase Sciences du Vivant [q-bio] Biochimie Biologie Moléculaire'. Résumé : 2,4-Dichlorophenoxyacetic acid (2,4D) is one of the widely used herbicide of the phenoxy family with possible startling number of adverse effects on species other than the weeds which is designed to kill. The effects of 2,4D were investigated in jerboa (Jaculus orientalis), a wild animal of subdesert highlands. The jerboas have been daily treated intraperitonally with 2,4D 3 mg/kg body weight for 4 weeks. Plasmatic markers, and antioxidants defences systems were assessed and histological alterations were evaluated. The in vivo and in vitro effects of 2,4D on the mitochondrial D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) were also determined. Our results showed a strong decrease of triglycerides level and HDL cholesterol and an increase in GOT level and LDL cholesterol. The microscopic evaluation showed that 2,4D induced necrosis of seminiferous tubules cells in testis, hyperplasia of hepatocytes in liver and presence of multinucleated giant cells in brain. The results show also an inhibitory effect on BDH in terms of activity and kinetic parameters. All of these results show that 2,4D induces toxicity which affects energy metabolism, morphological perturbation and oxidative stress. En ligne : https://hal.science/hal-00376293v1 Format de la ressource électronique :
Titre : Conformational selection or induced fit? New insights from old principles Type de document : document électronique Auteurs : Denis Michel, Auteur Editeur : Elsevier Année de publication : 2016 Importance : Volumes 128–129, Pages 48-54 Langues : Anglais (eng) Catégories : 572 Biochimie Tags : 'Conformational selection Induced fit Net flux Kinetic cooperativity Glucokinase Steady state Quantitative Methods (q-bio.QM)'. Index. décimale : 572 Résumé : A long standing debate in biochemistry is to determine whether the conformational changes observed during biomolecular interactions proceed through conformational selection (of preexisting isoforms) or induced fit (ligand-induced 3D reshaping). The latter mechanism had been invoked in certain circumstances, for example to explain the non-Michaelian activity of monomeric enzymes like glucokinase. But the relative importance of induced fit has been recently depreciated in favor of conformational selection, assumed to be always sufficient, predominant in general and in particular for glucokinase. The relative contributions of conformational selection and induced fit are reconsidered here in and out of equilibrium, in the light of earlier concepts such as the cyclic equilibrium rule and the turning wheel of Wyman, using single molecule state probability, one-way fluxes and net fluxes. The conditions for a switch from conformational selection to induced fit at a given ligand concentration are explicitly determined. Out of equilibrium, the inspection of the enzyme states circuit shows that conformational selection alone would give a Michaelian reaction rate but not the established nonlinear behaviour of glucokinase. Moreover, when induced fit and conformational selection coexist and allow kinetic cooperativity, the net flux emerging in the linkage cycle necessarily corresponds to the induced fit path. En ligne : https://arxiv.org/abs/0902.3147 Format de la ressource électronique : Conformational selection or induced fit? New insights from old principles [document électronique] / Denis Michel, Auteur . - Elsevier, 2016 . - Volumes 128–129, Pages 48-54.
Langues : Anglais (eng)
Catégories : 572 Biochimie Tags : 'Conformational selection Induced fit Net flux Kinetic cooperativity Glucokinase Steady state Quantitative Methods (q-bio.QM)'. Index. décimale : 572 Résumé : A long standing debate in biochemistry is to determine whether the conformational changes observed during biomolecular interactions proceed through conformational selection (of preexisting isoforms) or induced fit (ligand-induced 3D reshaping). The latter mechanism had been invoked in certain circumstances, for example to explain the non-Michaelian activity of monomeric enzymes like glucokinase. But the relative importance of induced fit has been recently depreciated in favor of conformational selection, assumed to be always sufficient, predominant in general and in particular for glucokinase. The relative contributions of conformational selection and induced fit are reconsidered here in and out of equilibrium, in the light of earlier concepts such as the cyclic equilibrium rule and the turning wheel of Wyman, using single molecule state probability, one-way fluxes and net fluxes. The conditions for a switch from conformational selection to induced fit at a given ligand concentration are explicitly determined. Out of equilibrium, the inspection of the enzyme states circuit shows that conformational selection alone would give a Michaelian reaction rate but not the established nonlinear behaviour of glucokinase. Moreover, when induced fit and conformational selection coexist and allow kinetic cooperativity, the net flux emerging in the linkage cycle necessarily corresponds to the induced fit path. En ligne : https://arxiv.org/abs/0902.3147 Format de la ressource électronique : Exemplaires (3)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 15 572 MIC Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt 16 572 MIC Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt 17 572 MIC Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt
Titre : Conserver et exposer les microbes au tournant du vingtième siècle. Le cas de la première collection microbienne de l’Institut Pasteur Type de document : document électronique Auteurs : Mathilde Gallay-Keller, Auteur Editeur : [S.l.] : Société d'Anthropologie des Connaissances (SAC) Année de publication : 2021 Autre Editeur : [S.l.] : journals open edition ISBN/ISSN/EAN : 1760-5393 Note générale : 15 (3) Langues : Français (fre) Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : Collections of microorganisms microbiology naturalist tradition experimental tradition Pasteur Institute Collections de micro-organismes microbiologie tradition naturaliste tradition expérimentale Institut Pasteur Index. décimale : 570 Résumé : Cet article analyse le dispositif de la première collection microbienne de l’Institut Pasteur à Paris (IP), depuis sa constitution en 1889 suite à l’ouverture de l’institution et durant toute la période où elle fut développée par son curateur, le pastorien Jean Binot (entre 1896 et 1909). Cela à partir de deux interrogations, qui invitent à reconsidérer les frontières entre les sciences de la vie dites « naturalistes » et celles dites « expérimentales ». Si, dans le projet de découverte et de classification de l’ensemble du vivant, les institutions naturalistes telles que les muséums tiennent une place de choix, la collection microbienne de l’IP – avec sa vocation première de servir de support expérimental à l’enseignement de la microbiologie – fut-elle pour autant étrangère au projet de nommer et classer le vivant microscopique ? Par ailleurs, si les biotechnologies disponibles pour conserver les microbes ont bien été décrites dans des collections de micro-organismes et des biobanques au 20ème et 21ème siècle, qu’en était-il au passage du 19ème et du 20ème siècle à l’IP ? L’article documente quelles furent les fonctions et usages de cette collection microbienne pour les restituer dans leur variété, puis s’intéresse à sa gestion biotechnologique pour montrer comment son curateur mit en place des techniques de vie latente des micro-organismes – encore utilisées aujourd’hui dans diverses collections naturalistes comme expérimentales. En ligne : https://hal.science/halshs-03338819v1 Format de la ressource électronique : Conserver et exposer les microbes au tournant du vingtième siècle. Le cas de la première collection microbienne de l’Institut Pasteur [document électronique] / Mathilde Gallay-Keller, Auteur . - [S.l.] : Société d'Anthropologie des Connaissances (SAC) : [S.l.] : journals open edition, 2021.
ISSN : 1760-5393
15 (3)
Langues : Français (fre)
Catégories : 570 Biologie générale, sciences de la vie Tags : Collections of microorganisms microbiology naturalist tradition experimental tradition Pasteur Institute Collections de micro-organismes microbiologie tradition naturaliste tradition expérimentale Institut Pasteur Index. décimale : 570 Résumé : Cet article analyse le dispositif de la première collection microbienne de l’Institut Pasteur à Paris (IP), depuis sa constitution en 1889 suite à l’ouverture de l’institution et durant toute la période où elle fut développée par son curateur, le pastorien Jean Binot (entre 1896 et 1909). Cela à partir de deux interrogations, qui invitent à reconsidérer les frontières entre les sciences de la vie dites « naturalistes » et celles dites « expérimentales ». Si, dans le projet de découverte et de classification de l’ensemble du vivant, les institutions naturalistes telles que les muséums tiennent une place de choix, la collection microbienne de l’IP – avec sa vocation première de servir de support expérimental à l’enseignement de la microbiologie – fut-elle pour autant étrangère au projet de nommer et classer le vivant microscopique ? Par ailleurs, si les biotechnologies disponibles pour conserver les microbes ont bien été décrites dans des collections de micro-organismes et des biobanques au 20ème et 21ème siècle, qu’en était-il au passage du 19ème et du 20ème siècle à l’IP ? L’article documente quelles furent les fonctions et usages de cette collection microbienne pour les restituer dans leur variété, puis s’intéresse à sa gestion biotechnologique pour montrer comment son curateur mit en place des techniques de vie latente des micro-organismes – encore utilisées aujourd’hui dans diverses collections naturalistes comme expérimentales. En ligne : https://hal.science/halshs-03338819v1 Format de la ressource électronique : Exemplaires (2)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 20 570 GAL Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt 21 570 GAL Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt
Titre : ivelvarene Type de document : texte imprimé Auteurs : dahmoche Langues : Français (fre) Exemplaires (2)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 123456789 DAH Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt 1234567890 DAH Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt
Titre : A minimum set of stable blocks for rational design of polypeptide chains Running head: A set of stable blocks for protein rational design Type de document : document électronique Auteurs : Alexei Nekrasov, Auteur ; Ludmila Alekseeva, Auteur ; Rudolf A. Pogosyan, Auteur ; Dmitry Dolgikh ; Anastasia Anashkina, Auteur Editeur : Elsevier Année de publication : 2019 Autre Editeur : arXiv Note générale : Volume 160, pp.88-92 Langues : Anglais (eng) Catégories : 572 Biochimie Tags : 'Quantitative Methods (q-bio.QM) Biomolecules (q-bio.BM) Protein structures Peptides Protein dynamics Molecular dynamics Stable conformations Local protein conformations' Index. décimale : 572 Résumé : The aim of this work was to find a minimal set of structurally stable pentapeptides, which allows forming a polypeptide chain of a required 3D structure. To search for factors that ensure structural stability of the pentapeptide, we generated peptide sequences with no more than three functional groups, based on the alanine pentapeptide AAAAA. We analyzed 44,860 structures of peptides by the molecular dynamics method and found that 1,225 pentapeptides over 80% of the simulation time were in a stable conformation. Clustering of these conformations revealed 54 topological types of conformationally stable pentapeptides. These conformations relate to different combined elements of the protein secondary structure. So, we obtained a minimal set of amino acid structures of conformationally stable pentapeptides, creating a complete set of different topologies that ensure the formation of pre-folded conformation of protein structures. En ligne : https://arxiv.org/abs/1908.05126 Format de la ressource électronique : A minimum set of stable blocks for rational design of polypeptide chains Running head: A set of stable blocks for protein rational design [document électronique] / Alexei Nekrasov, Auteur ; Ludmila Alekseeva, Auteur ; Rudolf A. Pogosyan, Auteur ; Dmitry Dolgikh ; Anastasia Anashkina, Auteur . - Elsevier : arXiv, 2019.
Volume 160, pp.88-92
Langues : Anglais (eng)
Catégories : 572 Biochimie Tags : 'Quantitative Methods (q-bio.QM) Biomolecules (q-bio.BM) Protein structures Peptides Protein dynamics Molecular dynamics Stable conformations Local protein conformations' Index. décimale : 572 Résumé : The aim of this work was to find a minimal set of structurally stable pentapeptides, which allows forming a polypeptide chain of a required 3D structure. To search for factors that ensure structural stability of the pentapeptide, we generated peptide sequences with no more than three functional groups, based on the alanine pentapeptide AAAAA. We analyzed 44,860 structures of peptides by the molecular dynamics method and found that 1,225 pentapeptides over 80% of the simulation time were in a stable conformation. Clustering of these conformations revealed 54 topological types of conformationally stable pentapeptides. These conformations relate to different combined elements of the protein secondary structure. So, we obtained a minimal set of amino acid structures of conformationally stable pentapeptides, creating a complete set of different topologies that ensure the formation of pre-folded conformation of protein structures. En ligne : https://arxiv.org/abs/1908.05126 Format de la ressource électronique : Exemplaires (2)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 98 572 NEK Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt 99 572 NEK Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt
Titre : Unbiased estimation of sampling variance for Simpson's diversity index Type de document : document électronique Auteurs : Andreas Tiffeau-Mayer, Auteur Editeur : arXiv Année de publication : 2023 Importance : 7 pages, 5 figures Format : Langues : Anglais (eng) Catégories : 577 Écologie Tags : 'Populations and Evolution (q-bio.PE) Statistical Mechanics (cond-mat.stat-mech) Quantitative Methods (q-bio.QM Écologie '. Index. décimale : 577 Résumé : Quantification of measurement uncertainty is a cornerstone of scientific inquiry. Yet, for ecological measures of diversity obtaining reliable estimates of this uncertainty is a surprisingly challenging statistical problem. Here, a solution to this problem is presented in the form of an unbiased estimator for the sampling variance of Simpson's diversity index. Numerical tests show that this estimator outperforms currently used methods by large margins in small samples. We illustrate uses of the estimator for quantifying diversity in marine ecology and immunology. En ligne : https://arxiv.org/abs/2310.03439 Format de la ressource électronique : Unbiased estimation of sampling variance for Simpson's diversity index [document électronique] / Andreas Tiffeau-Mayer, Auteur . - arXiv, 2023 . - 7 pages, 5 figures ; PDF.
Langues : Anglais (eng)
Catégories : 577 Écologie Tags : 'Populations and Evolution (q-bio.PE) Statistical Mechanics (cond-mat.stat-mech) Quantitative Methods (q-bio.QM Écologie '. Index. décimale : 577 Résumé : Quantification of measurement uncertainty is a cornerstone of scientific inquiry. Yet, for ecological measures of diversity obtaining reliable estimates of this uncertainty is a surprisingly challenging statistical problem. Here, a solution to this problem is presented in the form of an unbiased estimator for the sampling variance of Simpson's diversity index. Numerical tests show that this estimator outperforms currently used methods by large margins in small samples. We illustrate uses of the estimator for quantifying diversity in marine ecology and immunology. En ligne : https://arxiv.org/abs/2310.03439 Format de la ressource électronique : Exemplaires (2)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 105 577 TIF Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt 106 577 TIF Cartes et plans Biblio Libre Albums Enfants Exclu du prêt
